Forskningsresurser

Robusta, validerade cell-, sjukdoms- och djurmodeller är avgörande för att påskynda forskning och utveckling av läkemedel mot cystisk fibros (CF). Brist på modellsystem för att stödja undersökning av CFTR-mutationer har tidigare utgjort ett hinder för framsteg. På Emily's Entourage är vi djupt engagerade i att investera i och utveckla de mest rigoröst testade modellsystemen och forskningsresurserna för personer med CF som inte har nytta av nuvarande CFTR-modulatorer. 

Resurser som är tillgängliga för forskarsamhället inkluderar:

Komplementära DNA-konstruktioner

cDNA-konstruktioner som uttrycker muterad (W1282X-CFTR) och trunkerad CFTR producerad av W1282X-CFTR-mutationen (CFTR₁₂₈₁) är tillgängliga. Konstruktioner genererades i pcDNA3.1/Zeo(+) och kan lätt subklonas till alternativa vektorer. Ytterligare information finns tillgänglig här. Framtagningen av dessa cDNA-konstruktioner stöddes av Emily's Entourage. 

Virala konstruktioner

Lentivirala överföringsplasmider som kodar för primära redigeringsverktyg för att korrigera L227R- och N1303K-CFTR finns tillgängliga från Marianne Carlon, PhD, KU Leuven, och har deponerats till Addgene här för allmän tillgång. Framtagningen av dessa överföringsplasmider har publicerats i open access-format (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024) och har fått stöd av Emily's Entourage.

Lentivirala och adenovirala konstruktioner som kodar för anticodon-engineered transfer-RNA (ACE-tRNA) som känner igen och effektivt undertrycker CFTR premature termination codons (PTCs) genotyper, inklusive W1282X, har genererats av John Lueck, PhD, University of Rochester Medical Center. Ytterligare information finns tillgänglig på här. Framtagningen av dessa viruskonstruktioner stöddes av Emily's Entourage.

Cellmodeller

Epiteliala celler i luftvägarna

• En panel av epitelceller från luftvägarna genererades av Finn J. Hawkins, MBBCh, Boston University, med hjälp av inducerade pluripotenta stamceller (iPSC) från pwCF med W1282X-CFTR (och ytterligare CFTR-mutationer). Dessa celler kan hållas i kultur, differentieras till pseudostratifierat epitel i luft-vätskeinterface för elektrofysiologiska bedömningar och kryokonserveras. Detta är ett värdefullt forskningsverktyg för att studera CF och påskynda utvecklingen av behandlingar för CF som orsakas av sällsynta varianter. Utvecklingen av denna panel av celler stöddes av Emily's Entourage. För specifik genotyptillgänglighet och för att initiera MTA-förfrågningar, tveka inte att kontakta Dr. Finn J. Hawkins.

Konstruerade HEK293T-celler 

• HEK 293T-celler (Human Embryonic Kidney) som uttrycker 3HA-taggad W1282X-CFTR (och ytterligare CFTR-mutationer) finns tillgängliga från Marianne Carlon, PhD, KU Leuven. Dessa cellinjer är ett utmärkt forskningsverktyg för snabb screening av många CFTR-korrigeringsstrategier (t.ex. föreningar, gentillsats och genredigering), är lätt transfekterade och 3HA-taggen möjliggör enkel avläsning på proteinnivå (t.ex. genom Western Blot och immuncytokemi för plasmamembranlokalisering). Framtagningen av dessa konstruerade cellinjer har publicerats i open access-format (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024) och har fått stöd av Emily's Entourage. För specifik genotyptillgänglighet och för att initiera MTA-förfrågningar, tveka inte att kontakta Dr. Marianne Carlon.
• En tidigare beskriven prime editing-reporter (PEAR; Simon et al., eLife, 2022) har anpassats av Marianne Carlon, PhD, KU Leuven, för kompatibilitet med produktion av lentivirala partiklar. En stabil cellinje (PEAR-cellinje) som kodar för GFP-reportern med störd skarvplats, i kombination med konstitutivt uttryck av miRFP, genererades. Efter framgångsrik priming eller adeninbasredigering blir PEAR-HEK293T-cellinjen GFP-positiv, vilket möjliggör undersökning av nya PE- eller ABE-VLP-arkitekturer, optimering av produktionsprotokoll och funktionell titrering av nya preps. Framtagningen av denna stabila cellinje stöddes av Emily's Entourage. För att initiera MTA-förfrågningar, tveka inte att kontakta Dr. Marianne Carlon.

Cellmodeller för sköldkörtelepitel från råtta

• Fischer rat thyroid (FRT) cellmodeller som uttrycker W1282X-CFTR och CFTR₁₂₈₁ (med den halidkänsliga reportern EYFP-H148Q/I152L/F46L). Dessa cellmodeller lämpar sig för fluorescens- och elektrofysiologisk bedömning av CFTR-aktivitet. Ytterligare information finns tillgänglig här. Framtagningen av dessa cellmodeller stöddes av Emily's Entourage.

Odödliggjorda epitelcellsmodeller för luftvägarna  

• Immortaliserade CFBE41o-epitelceller från luftvägarna som uttrycker W1282X-CFTR eller CFTR₁₂₈₁ med konstruerade triplett HA-epitoptaggar, för att underlätta biokemi och presentation på cellytan, har genererats av Gergerly Lukacs, MD, PhD, McGill University. 

Genediterade cellmodeller för epitelceller i luftvägarna

• De genredigerade 16HBE14o-cellerna som uttrycker F508del- och G542X-CFTR (och WT-föräldracellinjen) som genererats av CFFT Lab har modifierats av Carlos Farinha, PhD, FCUL, ULisboa, för att uttrycka halidkänsligt (HS) gult fluorescensprotein (YFP). Det stabila uttrycket av HS-YFP i dessa celler gör det möjligt att övervaka funktionell CFTR-korrigering. Det kan vara ett värdefullt forskningsverktyg för att undersöka effekten av genredigering eller andra korrigeringsstrategier. Utvecklingen av dessa cellmodeller stöddes av Emily's Entourage. För att initiera MTA-förfrågningar, tveka inte att kontakta Dr. Carlos Farinha.
• Genredigerade immortaliserade 16HBE14o- humana bronkialepitelceller som uttrycker W1282X-CFTR (och ytterligare CFTR-mutationer) har genererats av Cystic Fibrosis Foundation Therapeutics Lab och finns tillgängliga här.
  
• De genredigerade 16HBE14o-cellerna som uttrycker W1282X-CFTR (och ytterligare CFTR-mutationer) som genererats av CFFT Lab har av Marianne Carlon, PhD, KU Leuven, modifierats för att uttrycka halidkänsligt (HS) gult fluorescensprotein (YFP). Det stabila uttrycket av HS-YFP i dessa celler gör det möjligt att övervaka funktionell CFTR-korrigering. Det kan vara ett värdefullt forskningsverktyg för att undersöka effekten av genredigering eller andra korrigeringsstrategier. Utvecklingen av dessa cellmodeller stöddes av Emily's Entourage. För specifik genotyptillgänglighet och för att initiera MTA-förfrågningar, tveka inte att kontakta Dr. Marianne Carlon.

Tillväxtförstärkta cellmodeller för epitelceller i luftvägarna

• Nästan ursprungliga, tillväxtförstärkta homozygota W1282X-CFTR nasala epitelceller som uttrycker en proto-onkogen (Bmi-1) och den katalytiska subenheten av telomeras (hTERT) finns tillgängliga från Scott Randell, PhD, University of North Carolina, Chapel Hill. Ytterligare information finns tillgänglig på här. Framtagningen av dessa cellmodeller stöddes av Emily's Entourage. 

Humana primära epitelceller från luftvägarna och intestinala organoider

• Primära näs-, lung- och tarmceller med två nonsensmutationer (inklusive homozygota W1282X/W1282X-celler) finns tillgängliga från CFF:s RARE-cellsamling vid Cystic Fibrosis Foundation Therapeutics (CFFT) Lab. Celler kommer att distribueras baserat på tillgänglighet och utvärdering av en kort (~ halv sida) forskningsplan som kommer att utvärderas för vetenskapliga meriter. För specifik genotyptillgänglighet, vänligen kontakta Jessica Stach. MTA-förfrågningar kan initieras via CFFT Lab här.

Primära nasala epitelceller och stamcellsmodeller från människa

• En biobank med nasala epitelceller och inducerade pluripotenta stamceller (iPSC) isolerade från individer som lever med CF, inklusive de som är homozygota eller heterozygota för mutationerna W1282X och/eller G542X, finns tillgänglig från CF Canada-SickKids Program in Individual Therapy (CFIT). Vissa iPSC har CrispR-editerats för att generera isogena kontroller.

Rektala organoider

• Rektala organoider härrörande från homozygota W1282X-CFTR-försökspersoner underhålls av och är tillgängliga från Hubrecht Organoidteknik och Cystic Fibrosis Foundation Therapeutics Lab.
• Patientderiverade intestinala organoider (PDIOS) som stabilt uttrycker ACE-tRNA har utvecklats via lentiviral transduktion av Jeffrey M. Beekman, PhD, UMC Utrecht. Utvecklingen av dessa cellinjer kommer att gynna specifika experiment såsom qPCR, Western-Blots och toxicitetsrelaterade analyser. Ytterligare information finns tillgänglig på här. Emily's Entourage bidrog till genereringen av stabila PDIOS-uttryckande ACE-tRNA.

Stamcellsmodell

• Inducerade pluripotenta stamceller som är homozygota för W1282X-CFTR-mutationen finns tillgängliga från Diamond Lab, University of Pennsylvania. 

Algoritmer baserade på maskininlärning

• En maskininlärningsbaserad algoritm med namnet DETECTOR för CF-organoidanalys har utvecklats av Marianne Carlon, PhD, KU Leuven, och har beskrivits här (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024). DETECTOR är ett verktyg för snabb testning och analys av terapimetoder för genredigering i tarmorganoider. Trots att verktyget har utvecklats uttryckligen för genredigeringsarbete i organoider kan det enkelt tillämpas på genaddition eller någon annan strategi som leder till funktionell CFTR-korrigering. Framtagningen av detta organoidverktyg fick stöd av Emily's Entourage och är fritt tillgängligt via GitHub.

Murina modeller

• Murinmodeller för att undersöka cystisk fibros (CF)-patologi, inklusive modeller av CF orsakade av nonsensmutationer, finns tillgängliga från Craig Hodges, PhD, vid Case Western Reserve University Cystic Fibrosis Mouse Model Core.

Nanopartiklar

Nanopartiklar av lipider

• Nya lipidnanopartiklar som kapslar in RNA (mRNA och sgRNA) har utvecklats av Debadyuti (Rana) Ghoshs laboratorium, PhD, University of Texas at Austin. Framtagningen av denna formulering stöddes av Emily's Entourage, och dess sammansättning och metoder för formulering är tillgängliga för andra forskargrupper för att leverera RNA-terapeutisk last. För att initiera MTA-förfrågningar, vänligen kontakta Dr. Ghosh.
  

Fager

• Bakteriofager för fagterapi mot flera patogener, bland annat Achromobacter, xylosoxidans, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Stenotrophomonas, och Klebsiella, har utvecklats av Daria Van Tyne, PhD, University of Pittsburgh. Utvecklingen av dessa fager har fått stöd av National Institutes of Health, Cystic Fibrosis Foundation och Emily's Entourage. För att initiera MTA-förfrågningar, vänligen kontakta Dr. Daria Van Tyne.

För frågor om dessa resurser, vänligen kontakta Kontakta oss för mer information.