Emily's Entourage » Research Resources

Modelli cellulari, di malattia e animali solidi e validati sono fondamentali per accelerare la ricerca e la scoperta e lo sviluppo di farmaci per la fibrosi cistica (FC).. Mancanza di sistemi modello per supportare l'indagine sulle mutazioni CFTR ha rappresentato in passato un ostacolo al progresso. Noi di Emily's Entourage siamo profondamente impegnati a investire e a sviluppare i sistemi modello e le risorse di ricerca più rigorosamente testati per le persone con FC che non traggono beneficio dagli attuali modulatori CFTR.

Le risorse a disposizione della comunità di ricerca includono:

Costrutti di DNA complementare

costrutti di cDNA che esprimono la CFTR mutata (W1282X-CFTR) e quella tronca prodotta dalla mutazione W1282X-CFTR (CFTR₁₂₈₁) sono disponibili. I costrutti sono stati generati in pcDNA3.1/Zeo(+) e possono essere facilmente subclonati in vettori alternativi. Ulteriori informazioni sono disponibili qui. La generazione di questi costrutti di cDNA è stata supportata da Emily's Entourage.

Costrutti virali

I plasmidi lentivirali che codificano gli strumenti di editing primario per la correzione di L227R- e N1303K-CFTR sono disponibili presso Marianne Carlon, PhD, KU Leuven, e sono stati depositati a Addgene qui per l'accesso pubblico. La generazione di questi plasmidi di trasferimento è stata pubblicata in formato open access (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024) ed è stata sostenuta da Emily's Entourage.

John Lueck, PhD, University of Rochester Medical Center, ha generato costrutti lentivirali e adenovirali che codificano transfer-RNA anticodone (ACE-tRNA) che riconoscono e sopprimono in modo efficiente i genotipi di codoni di terminazione prematura (PTC) della CFTR, tra cui W1282X. Ulteriori informazioni sono disponibili qui. La generazione di questi costrutti virali è stata supportata da Emily's Entourage.

Modelli cellulari

Cellule epiteliali delle vie aeree

Un pannello di cellule epiteliali delle vie aeree è stato generato da Finn J. Hawkins, MBBCh, Boston University, utilizzando cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) da pwCF con W1282X-CFTR (e altre mutazioni CFTR). Queste cellule possono essere mantenute in coltura, differenziate in epitelio pseudostratificato in interfaccia liquido-aria per valutazioni elettrofisiologiche e crioconservate. Si tratta di un prezioso strumento di ricerca per lo studio della FC e per accelerare lo sviluppo terapeutico della FC causata da varianti rare. Lo sviluppo di questo pannello di cellule è stato sostenuto da Emily's Entourage. Per la disponibilità di genotipi specifici e per avviare richieste di MTA, non esitate a contattare il Dr. Finn J. Hawkins.

Cellule HEK293T ingegnerizzate

Le cellule di rene embrionale umano (HEK) 293T che esprimono il tag 3HA W1282X-CFTR (e altre mutazioni CFTR) sono disponibili presso Marianne Carlon, PhD, KU Leuven. Queste linee cellulari sono un ottimo strumento di ricerca per lo screening rapido di molte strategie di correzione della CFTR (ad esempio, composti, aggiunta di geni ed editing genico), sono facilmente trasfettabili e il tag 3HA consente una lettura immediata del livello proteico (ad esempio, mediante Western Blot e immunocitochimica per la localizzazione della membrana plasmatica). La generazione di queste linee cellulari ingegnerizzate è stata pubblicata in formato open access (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024) ed è stata sostenuta da Emily's Entourage. Per la disponibilità di genotipi specifici e per avviare richieste di MTA, non esitate a contattare la dott.ssa Marianne Carlon.
Un reporter di prime editing precedentemente descritto (PEAR; Simon et al., eLife, 2022) è stato adattato da Marianne Carlon, PhD, KU Leuven, per essere compatibile con la produzione di particelle lentivirali. È stata generata una linea cellulare stabile (linea cellulare PEAR) che codifica il reporter GFP con sito di splice interrotto, in combinazione con l'espressione costitutiva di miRFP. Quando l'editing della base adenina o del primer ha successo, la linea cellulare PEAR-HEK293T diventa GFP-positiva, consentendo di studiare nuove architetture PE- o ABE-VLP, ottimizzare i protocolli di produzione e titolare funzionalmente nuovi preparati. La generazione di questa linea cellulare stabile è stata sostenuta da Emily's Entourage. Per avviare richieste di MTA, non esitate a contattare la dott.ssa Marianne Carlon.

Modelli di cellule epiteliali tiroidee di ratto

Modelli cellulari di tiroide di ratto Fischer (FRT) che esprimono W1282X-CFTR e CFTR₁₂₈₁ (con il reporter EYFP-H148Q/I152L/F46L sensibile agli alogenuri). Questi modelli cellulari sono adatti alla fluorescenza e alla valutazione elettrofisiologica dell'attività CFTR. Ulteriori informazioni sono disponibili qui. La generazione di questi modelli cellulari è stata sostenuta da Emily's Entourage.

Modelli di cellule epiteliali immortalizzate delle vie aeree

Cellule epiteliali delle vie aeree immortalizzate CFBE41o che esprimono W1282X-CFTR o CFTR₁₂₈₁ con tag epitopo HA triplo ingegnerizzato, per facilitare la biochimica e la presentazione sulla superficie cellulare, sono stati generati da Gergerly Lukacs, MD, PhD, McGill University.

Modelli di cellule epiteliali delle vie aeree modificate geneticamente

Le cellule 16HBE14o- modificate geneticamente che esprimono F508del- e G542X-CFTR (e la linea cellulare parentale WT) generate dal Laboratorio CFFT sono state ingegnerizzate da Carlos Farinha, PhD, FCUL, ULisboa, per esprimere la proteina a fluorescenza gialla (YFP) sensibile agli alogenuri (HS). L'espressione stabile di HS-YFP in queste cellule consente di monitorare la correzione funzionale della CFTR. Può essere un valido strumento di ricerca per studiare l'efficacia dell'editing genico o di altre strategie di correzione. La progettazione di questi modelli cellulari è stata sostenuta da Emily's Entourage. Per avviare richieste di MTA, non esitate a contattare il Dr. Carlos Farinha.
Le cellule epiteliali bronchiali umane immortali 16HBE14o- modificate geneticamente che esprimono W1282X-CFTR (e altre mutazioni CFTR) sono state generate dal Cystic Fibrosis Foundation Therapeutics Lab ed è disponibile qui.
Le cellule 16HBE14o- modificate geneticamente che esprimono W1282X-CFTR (e altre mutazioni CFTR) generate dal laboratorio CFFT sono state modificate da Marianne Carlon, PhD, KU Leuven per esprimere la proteina a fluorescenza gialla (YFP) sensibile agli alogenuri (HS). L'espressione stabile di HS-YFP in queste cellule consente di monitorare la correzione funzionale di CFTR. Può essere un valido strumento di ricerca per studiare l'efficacia dell'editing genico o di altre strategie di correzione. La progettazione di questi modelli cellulari è stata sostenuta da Emily's Entourage. Per la disponibilità di genotipi specifici e per avviare richieste di MTA, non esitate a contattare la dott.ssa Marianne Carlon.

Modelli di cellule epiteliali delle vie aeree a crescita potenziata

Cellule epiteliali nasali omozigoti W1282X-CFTR, quasi native, che esprimono un proto-oncogene (Bmi-1) e la subunità catalitica della telomerasi (hTERT) sono disponibili presso Scott Randell, PhD, University of North Carolina, Chapel Hill. Ulteriori informazioni sono disponibili qui. La generazione di questi modelli cellulari è stata sostenuta da Emily's Entourage.

Cellule epiteliali primarie delle vie aeree umane e organoidi intestinali

Cellule primarie nasali, polmonari e intestinali con due mutazioni nonsense (comprese le cellule omozigoti W1282X/W1282X) sono disponibili nella collezione di cellule RARE della CFF presso il Cystic Fibrosis Foundation Therapeutics (CFFT) Lab. Le cellule saranno distribuite in base alla disponibilità e alla valutazione di un breve piano di ricerca (circa mezza pagina) che sarà valutato per il merito scientifico. Per la disponibilità di genotipi specifici, contattare Jessica Stach. Le richieste di MTA possono essere avviate tramite il laboratorio CFFT. qui.

Cellule epiteliali nasali primarie umane e modelli di cellule staminali

Una biobanca di cellule epiteliali nasali e di cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) isolate da individui affetti da FC, compresi quelli omozigoti o eterozigoti per le mutazioni W1282X e/o G542X, è disponibile presso il programma CF Canada-SickKids in terapia individuale (CFIT). Alcune iPSC sono state modificate con CrispR per generare controlli isogenici.

Organoidi rettali

Gli organoidi rettali derivati da soggetti omozigoti W1282X-CFTR sono mantenuti da e disponibili da Tecnologia degli organoidi di Hubrecht e il Laboratorio terapeutico della Fondazione per la fibrosi cistica.
Gli organoidi intestinali derivati da pazienti (PDIOS) che esprimono stabilmente gli ACE-tRNA sono stati sviluppati tramite trasduzione lentivirale da Jeffrey M. Beekman, PhD, UMC Utrecht. Lo sviluppo di queste linee cellulari sarà utile per esperimenti specifici come qPCR, Western-Blots e saggi di tossicità. Ulteriori informazioni sono disponibili qui. Emily's Entourage ha supportato la generazione di ACE-tRNA stabili che esprimono PDIOS.

Modello di cellule staminali

Le cellule staminali pluripotenti indotte omozigoti per la mutazione W1282X-CFTR sono disponibili presso l'Istituto di Ricerca e Sviluppo di Milano. Laboratorio Diamond, Università della Pennsylvania.

Algoritmi basati sull'apprendimento automatico

Un algoritmo basato sull'apprendimento automatico, denominato DETECTOR, per l'analisi degli organoidi della FC è stato sviluppato da Marianne Carlon, PhD, KU Leuven ed è stato descritto qui (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024). DETECTOR è uno strumento per testare e analizzare rapidamente gli approcci terapeutici di editing genico negli organoidi intestinali. Nonostante sia stato sviluppato esplicitamente per il lavoro di editing genico negli organoidi, questo strumento può essere facilmente applicato all'aggiunta di geni o a qualsiasi altra strategia che porti alla correzione funzionale della CFTR. La generazione di questo strumento per organoidi è stata sostenuta da Emily's Entourage ed è liberamente disponibile attraverso GitHub.

Modelli murini

Modelli murini per studiare la patologia della fibrosi cistica (FC), compresi i modelli di FC causati da mutazioni nonsense, sono disponibili presso Craig Hodges, PhD, all'Istituto di ricerca sulla fibrosi cistica. Nucleo del modello di topo per la fibrosi cistica dell'Università Case Western Reserve.

Nanoparticelle

Nanoparticelle lipidiche

Nuove nanoparticelle lipidiche che incapsulano RNA (mRNA e sgRNA) sono state sviluppate dal laboratorio di Debadyuti (Rana) Ghosh, PhD, University of Texas at Austin. La generazione di questa formulazione è stata sostenuta da Emily's Entourage e la sua composizione e i metodi di formulazione sono a disposizione di altri gruppi di ricerca per la consegna di carichi terapeutici di RNA. Per avviare richieste di MTA, contattare la dott.ssa Ghosh.

Fagi

Batteriofagi per la terapia fagica contro diversi agenti patogeni, tra cui Achromobacter, xylosoxidans, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Stenotrophomonas, e Klebsiella, sono stati sviluppati da Daria Van Tyne, PhD, Università di Pittsburgh. Lo sviluppo di questi fagi è stato sostenuto dal National Institutes of Health, dalla Cystic Fibrosis Foundation e da Emily's Entourage. Per avviare richieste di MTA, contattare la dott.ssa Daria Van Tyne.

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