Araştırma Kaynakları

Sağlam, doğrulanmış hücre, hastalık ve hayvan modelleri, kistik fibroz (KF) için araştırma ve ilaç keşfi ve geliştirmeyi hızlandırmak için kritik öneme sahiptir. Model sistemlerin eksikliği CFTR mutasyonlarının araştırılmasını desteklemek için daha önce ilerlemenin önünde bir engel olarak hizmet etmiştir. Emily's Entourage olarak, mevcut CFTR modülatörlerinden faydalanamayan KF'li bireyler için en titizlikle test edilmiş model sistemlere ve araştırma kaynaklarına yatırım yapmaya ve bunları geliştirmeye derinden bağlıyız. 

Araştırma topluluğu için mevcut kaynaklar şunlardır:

Tamamlayıcı DNA Yapıları

mutasyona uğramış (W1282X-CFTR) ve W1282X-CFTR mutasyonu tarafından üretilen kesilmiş CFTR'yi ifade eden cDNA yapıları (CFTR₁₂₈₁) mevcuttur. Yapılar pcDNA3.1/Zeo(+) içinde oluşturulmuştur ve alternatif vektörlere kolayca alt klonlanabilir. Daha fazla bilgi mevcuttur Burada. Bu cDNA yapılarının oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. 

Viral Yapılar

L227R- ve N1303K-CFTR'yi düzeltmek için asal düzenleme araçlarını kodlayan lentiviral transfer plazmidleri Marianne Carlon, PhD, KU Leuven'den temin edilebilir ve Addgene burada kamu erişimi için. Bu transfer plazmidlerinin üretimi açık erişim formatında yayınlanmıştır (Bulcaen et al., Cell Reports Medicine, 2024) ve Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir.

W1282X dahil olmak üzere CFTR erken sonlandırma kodonları (PTC'ler) genotiplerini tanıyan ve etkili bir şekilde baskılayan antikodon mühendisliği transfer-RNA'ları (ACE-tRNA'lar) kodlayan lentiviral ve adenoviral yapılar, Rochester Üniversitesi Tıp Merkezi'nden John Lueck, PhD tarafından üretilmiştir. Daha fazla bilgi için Burada. Bu viral yapıların oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir.

Hücre Modelleri

Hava yolu epitel hücreleri

• Boston Üniversitesi MBBCh'den Finn J. Hawkins tarafından W1282X-CFTR (ve ek CFTR mutasyonları) içeren pwCF'den uyarılmış pluripotent kök hücreler (iPSC'ler) kullanılarak bir hava yolu epitel hücreleri paneli oluşturulmuştur. Bu hücreler kültürde muhafaza edilebilir, elektrofizyolojik değerlendirmeler için hava sıvı arayüzünde psödostratifiye epitele farklılaştırılabilir ve kriyoprezerve edilebilir. Bu, KF'yi incelemek ve nadir varyantların neden olduğu KF için terapötik gelişimi hızlandırmak için değerli bir araştırma aracıdır. Bu hücre panelinin geliştirilmesi Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. Spesifik genotip mevcudiyeti ve MTA taleplerini başlatmak için Dr. Finn J. Hawkins ile iletişime geçmekten çekinmeyin.

Tasarlanmış HEK293T hücreleri 

• 3HA etiketli W1282X-CFTR (ve ek CFTR mutasyonları) ifade eden İnsan Embriyonik Böbrek (HEK) 293T hücreleri Marianne Carlon, PhD, KU Leuven'den temin edilebilir. Bu hücre hatları, birçok CFTR düzeltme stratejisinin (örn. bileşikler, gen ekleme ve gen düzenleme) hızlı bir şekilde taranması için harika bir araştırma aracıdır, kolayca transfekte edilebilir ve 3HA etiketi, protein seviyesinde (örn. Western Blot ve plazma membran lokalizasyonu için immünositokimya ile) doğrudan okumaya izin verir. Bu mühendislik ürünü hücre hatlarının üretimi açık erişim formatında yayınlanmıştır (Bulcaen ve ark., Cell Reports Medicine, 2024) ve Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. Spesifik genotip kullanılabilirliği ve MTA taleplerini başlatmak için Dr. Marianne Carlon ile iletişime geçmekten çekinmeyin.
• Daha önce tanımlanan bir asal düzenleme raportörü (PEAR; Simon ve ark., eLife, 2022), lentiviral partikül üretimi ile uyumluluk için Marianne Carlon, PhD, KU Leuven tarafından uyarlanmıştır. miRFP'nin konstitütif ekspresyonu ile birlikte GFP raportörünü bozulmuş ekleme bölgesi ile kodlayan kararlı bir hücre hattı (PEAR hücre hattı) üretildi. Başarılı prime veya adenin baz düzenlemesinin ardından, PEAR-HEK293T hücre hattı GFP-pozitif hale gelir ve yeni PE veya ABE-VLP mimarilerinin araştırılmasına, üretim protokollerinin optimizasyonuna ve yeni preparatların işlevsel olarak titre edilmesine olanak tanır. Bu stabil hücre hattının oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. MTA taleplerini başlatmak için Dr. Marianne Carlon ile iletişime geçmekten çekinmeyin.

Sıçan tiroid epitel hücre modelleri

• W1282X-CFTR ve CFTR eksprese eden Fischer sıçan tiroid (FRT) hücre modelleri₁₂₈₁ (EYFP-H148Q/I152L/F46L halide duyarlı raportör ile). Bu hücre modelleri CFTR aktivitesinin floresan ve elektrofizyolojik değerlendirmesine uygundur. Daha fazla bilgi mevcuttur Burada. Bu hücre modellerinin oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir.

İmmortalize hava yolu epitel hücre modelleri  

• W1282X-CFTR veya CFTR eksprese eden immortalize CFBE41o- hava yolu epitel hücreleri₁₂₈₁ Biyokimya ve hücre yüzeyi sunumunu kolaylaştırmak için tasarlanmış üçlü HA epitop etiketleri ile McGill Üniversitesi'nden Gergerly Lukacs, MD, PhD tarafından üretilmiştir. 

Gen düzenlemesi yapılmış hava yolu epitel hücre modelleri

• CFFT Laboratuvarı tarafından üretilen F508del- ve G542X-CFTR (ve WT ebeveyn hücre hattı) ifade eden gen düzenlemesi yapılmış 16HBE14o- hücreleri, Carlos Farinha, PhD, FCUL, ULisboa tarafından halide duyarlı (HS) sarı floresan proteini (YFP) ifade edecek şekilde tasarlanmıştır. HS-YFP'nin bu hücrelerde kararlı bir şekilde ifade edilmesi, işlevsel CFTR düzeltmesinin izlenmesini sağlar. Gen düzenlemesinin veya diğer düzeltme stratejilerinin etkinliğini araştırmak için değerli bir araştırma aracı olabilir. Bu hücre modellerinin mühendisliği Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. MTA taleplerini başlatmak için Dr. Carlos Farinha ile iletişime geçmekten çekinmeyin.
• W1282X-CFTR (ve ek CFTR mutasyonları) ifade eden gen düzenlemesi yapılmış ölümsüzleştirilmiş 16HBE14o- insan bronş epitel hücreleri Kistik Fibrozis Vakfı Terapötik Laboratuvarı tarafından üretilmiştir ve mevcuttur Burada.
  
• CFFT Laboratuvarı tarafından üretilen W1282X-CFTR (ve ek CFTR mutasyonları) ifade eden gen düzenlemesi yapılmış 16HBE14o- hücreleri, halide duyarlı (HS) sarı floresan proteini (YFP) ifade edecek şekilde Marianne Carlon, PhD, KU Leuven tarafından tasarlanmıştır. HS-YFP'nin bu hücrelerde kararlı bir şekilde ifade edilmesi, işlevsel CFTR düzeltmesinin izlenmesini sağlar. Gen düzenlemesinin veya diğer düzeltme stratejilerinin etkinliğini araştırmak için değerli bir araştırma aracı olabilir. Bu hücre modellerinin mühendisliği Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. Spesifik genotip mevcudiyeti ve MTA taleplerini başlatmak için Dr. Marianne Carlon ile iletişime geçmekten çekinmeyin.

Büyümesi artırılmış hava yolu epitel hücre modelleri

• Bir proto-onkogen (Bmi-1) ve telomerazın katalitik alt birimini (hTERT) ifade eden, doğala yakın, büyümesi artırılmış homozigot W1282X-CFTR burun epitel hücreleri Chapel Hill'deki North Carolina Üniversitesi'nden Scott Randell, PhD'den temin edilebilir. Daha fazla bilgi için Burada. Bu hücre modellerinin oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. 

İnsan birincil hava yolu epitel hücreleri ve bağırsak organoidleri

• İki nonsense mutasyonlu (homozigot W1282X/W1282X hücreleri dahil) primer nazal, akciğer ve bağırsak hücreleri, Kistik Fibrozis Vakfı Terapötikler (CFFT) Laboratuvarı'ndaki CFF'nin RARE hücre koleksiyonundan temin edilebilir. Hücreler, bilimsel değer açısından değerlendirilecek kısa (~yarım sayfa) bir araştırma planının mevcudiyetine ve değerlendirilmesine göre dağıtılacaktır. Özel genotip mevcudiyeti için lütfen Jessica Stach ile iletişime geçin. MTA talepleri CFFT Laboratuvarı aracılığıyla başlatılabilir Burada.

İnsan primer nazal epitel hücreleri ve kök hücre modelleri

• W1282X ve/veya G542X mutasyonları için homozigot veya heterozigot olanlar da dahil olmak üzere KF ile yaşayan bireylerden izole edilen nazal epitel hücreleri ve indüklenmiş pluripotent kök hücrelerden (iPSC'ler) oluşan bir biyobanka, Bireysel Tedavide CF Kanada-SickKids Programı'ndan (CFIT). Bazı iPSC'ler izojenik kontroller oluşturmak için CrispR ile düzenlenmiştir.

Rektal organoidler

• Homozigot W1282X-CFTR deneklerinden türetilen rektal organoidler tarafından muhafaza edilir ve şu adresten temin edilebilir Hubrecht Organoid Teknolojisi ve Kistik Fibrozis Vakfı Terapötik Laboratuvarı.
• ACE-tRNA'ları stabil olarak eksprese eden hasta kaynaklı bağırsak organoidleri (PDIOS) Jeffrey M. Beekman, PhD, UMC Utrecht tarafından lentiviral transdüksiyon yoluyla geliştirilmiştir. Bu hücre hatlarının geliştirilmesi qPCR'ler, Western-Blots ve toksisite ile ilgili deneyler gibi spesifik deneylere fayda sağlayacaktır. Daha fazla bilgi için Burada. Emily's Entourage, kararlı PDIOS-eksprese eden ACE-tRNA'ların üretilmesini desteklemiştir.

Kök hücre modeli

• W1282X-CFTR mutasyonu için homozigot olan indüklenmiş pluripotent kök hücreler Diamond Laboratuvarı, Pennsylvania Üniversitesi. 

Makine Öğrenimi Tabanlı Algoritmalar

• KF organoid analizi için DETECTOR adlı makine öğrenimi tabanlı bir algoritma Marianne Carlon, PhD, KU Leuven tarafından geliştirilmiş ve tanımlanmıştır Burada (Bulcaen ve ark., Cell Reports Medicine, 2024). DETECTOR, bağırsak organoidlerinde gen düzenleme terapisi yaklaşımlarının hızlı bir şekilde test ve analiz edilmesine yönelik bir araçtır. Organoidlerde gen düzenleme çalışmaları için geliştirilmiş olmasına rağmen, bu araç gen ekleme veya işlevsel CFTR düzeltmesine yol açan diğer stratejilere kolayca uygulanabilir. Bu organoid aracının oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir ve şu adresten ücretsiz olarak edinilebilir GitHub.

Murin Modelleri

• Kistik Fibrozis (KF) patolojisini araştırmak için, nonsense mutasyonlarının neden olduğu KF modelleri de dahil olmak üzere, Murine modelleri Craig Hodges, PhD'den temin edilebilir. Case Western Reserve Üniversitesi Kistik Fibrozis Fare Modeli Çekirdeği.

Nanopartiküller

Lipid Nanopartiküller

• RNA'yı (mRNA ve sgRNA) kapsülleyen yeni lipid nanopartiküller, Austin'deki Texas Üniversitesi'nden Debadyuti (Rana) Ghosh, PhD'nin laboratuvarı tarafından geliştirilmiştir. Bu formülasyonun oluşturulması Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir ve bileşimi ve formülasyon yöntemleri, RNA terapötik kargosunu iletmek için diğer araştırma grupları için mevcuttur. MTA taleplerini başlatmak için lütfen Dr. Ghosh ile iletişime geçin.
  

Fajlar

• Aşağıdakiler de dahil olmak üzere çeşitli patojenlere karşı faj tedavisi için bakteriyofajlar Achromobacter, xylosoxidans, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Stenotrophomonasve Klebsiella, Daria Van Tyne, PhD, University of Pittsburgh tarafından geliştirilmiştir. Bu fajların geliştirilmesi Ulusal Sağlık Enstitüleri, Kistik Fibroz Vakfı ve Emily's Entourage tarafından desteklenmiştir. MTA taleplerini başlatmak için lütfen Dr. Daria Van Tyne ile iletişime geçin.

Bu kaynaklarla ilgili sorularınız için lütfen Bize Ulaşın.